Божидар Алексиев завършва Историческия факултет на Софийския университет „Св. Климент Охридски“ със специализация етнология, след което – историческа етнология и социална антропология в École des Hautes Études en Sciences Sociales (EHESS) (Висша школа за обществени науки) в Тулуза, Франция. През 2000 г. защитава докторат и постъпва на работа в секция „Балкански и славянски фолклор“ на Института за фолклор при БАН. През 2007 г. получава научното звание „доцент“. В момента работи в Института за етнология и фолклористика с Eтнографски музей при БАН. Участник е в множество изследователски и образователни проекти и е публикувал повече от 30 статии и студии, посветени на различни аспекти от традиционната култура на българите мюсюлмани, на хетеродоксните мюсюлмани в България, както и на някои съвременни проблеми.